Depois da batalha contra o Sentinela a existência dos mutantes é revelada. A reação do público é hostil. No decorrer da temporada, o verdadeiro Xavier é encontrado, Pietro retorna para a Irmandade, a Mística é derrotada depois de tentar atacar Ciclope, a mansão é reconstruída, e os X-Men voltam ao colégio de Bayville. Wanda continua sua busca por Magneto (que foi salvo por seu filho Mercúrio no último minuto). Magneto usa o mutante telepata Mestre Mental para mudar as memórias de infância de Wanda. Spyke deixa os X-Men quando seu poder se torna incontrolável, decide viver nos esgotos com os Morlocks.
Vampira perde o controle sobre seus poderes, descobre a verdade sobre Misty-Mística e fica hospitalizada depois. Durante esse tempo ela ficou sabendo que era filha da Mística, Sina (Destiny) que disse que o destino delas ficariam nas mãos de um antigo mutante que renasceria. O retorno do Apocalipse começa no final dessa temporada. Mesmero manipula Gambit e acaba colocando os fatos na ordem desejada de modo que Magneto abra a segunda porta com a destruição de uma aranha-guardiã, há também a manipulação de Vampira, que absorve todos os poderes dos mutantes da Irmandade, dos X-Men e da equipe de Magneto, para transferi-los a Apocalipse, os mutantes descobrem pistas do passado de Apocalipse e lutam contra robôs no Egito, Mística é induzida a abrir a porta e é transformada em pedra numa espécie de efeito-contrário da sua mutação, Apocalipse é solto e já dá uma demonstração de seu poder,derrotando sozinho e sem nenhum esforço,todos os mutantes ali presentes(os X-men,Irmandade e o grupo de Magneto,exceto Mística e Vampira)