A última temporada tem 9 episódios. Nesta temporada, Apocalipse instaura três poderosas cúpulas em três lugares distintos: No México, na China e no Egito. Magneto prefere um confronto direto com Apocalipse e ataca a cúpula mexicana, então Apocalipse o faz desaparecer com uma explosão atômica com um simples fecho de mão.
Vampira empurra a estátua de Mística de um rochedo, fazendo-a quebrar em pedaços e também ouve uma explosão atômica.
A Irmandade, acidentalmente, ajuda pessoas num acidente do metrô e depois procura fazer os próprios desastres com seus poderes e salvarem as pessoas, obtendo assim dinheiro e prejudicando os X-Men, até que a farsa é descoberta.
Wolverine e X-23 destroem a sede da H.Y.D.R.A, Spyke reaparece com os Morlocks numa briga por justiça aos mutantes, com destaque para o opositor: Dunckam. Gambit e Vampira se aproximam mais e ajudam o pai e o clã dos ladrões amigos de Gambit.
O filho do professor Xavier, Legião, resolve usar os poderes de seu pai para aumentar sua força mutante.
O auge se dá nos dois últimos capítulos, onde Apocalipse resolve colocar seus planos em prática e transformar a humanidade em mutantes. Com respostas obtidas da mente de Mesmero, professor Xavier e Tempestade vão até o Egito conversar com Apocalipse e acabam tendo o mesmo desaparecimento anterior de Magneto e Mística.
Fury e Trask se unem e comandam as tropas de robôs sentinelas para destruir as cúpulas e as pirâmides, eis então que Apocalipse mostra sua principal defesa: seus 4 cavaleiros, Magneto, Professor Xavier, Tempestade e Mística.
Com os poderes ampliados eles vão defender as pirâmides e a Esfinge, aí se dá a batalha final:
No Egito, Jean Grey, Colossus, Múltiplo, Magma e Dinamite enfrentam Professor Xavier, com destaque para a luta mental entre Jean e Professor;
Na China, Spyke, Homem de Gelo, Frenético e Fera enfrentam Tempestade, com destaque para os confrontos elétricos entre Frenético e Tempestade;
No México, Feiticeira Escarlate, Arcanjo, Lince Negra, Mancha Solar e Destrutor, enfrentam Magneto, com destaque para o fato de que a Irmandade (Mercúrio, Groxo, Avalanche e Blob) aparece no meio da luta e faz com que Magneto tenha maiores problemas para continuar defendendo a cúpula.
Na esfinge a luta é de Mística contra Ciclope, Wolverine e Noturno.
No fim, Vampira surge com Fury, Míssil e Dorian Leech, que é um garoto que tem o poder de desligar a energia e os poderes mutantes, Vampira usa esse poder contra Apocalipse e ele então fica preso nas brechas do tempo e desaparece.
Quando tudo termina, há então uma conversa do Professor Xavier com os X-Men, que é sobre a invasão mental do Apocalipse por ele mesmo, permitindo uma sobre uma visão futura sobre os mutantes, então ele conta, "indiretamente", as visôes entre as quais: o fato de Magneto e sua equipe(que também evoluiu)que não vai mais perseguir a humanidade, Jean se transforma na Fênix e a evolução dos X-Men, e da Irmandade.