A 5.000 anos atrás, os grandes faraós jogavam um jogo de grande e terrível poder, o Jogo das Trevas, com Monstros de Verdade e Magia. Porém esses jogos e clodiram em uma guerra que ameaçou destruir o mundo inteiro. Até que um bravo faraó trancou o poder da magia, aprisionando-as em sete místicas relíquias milenares. A história do anime acontece no tempo atual (ou seja, 5.000 anos depois). E conta a história de Yugi Mutou, um menino que é um grande jogador do Monstros de Duelo, um jogo de cartas que é mania em todo o país. Porém o quê ninguém sabe é que esse jogo é apenas a nova versão do Jogo das Trevas. Um dia seu avô lhe dê uma caixa, e dentro dela há milhares de peças douradas de um quebra-cabeça milenar, de acordo com a profecia, aquele que consegui-se resolver o legendário Enigma do Milênio, seria o escolhido para salvar o mundo do retorno dos jogos das trevas. Quando Yugi consegue monta-lo, ele recebe poderes especiais, mudando de personalidade toda vez que duela no jogo, assim então é incorporado Yami Yugi. Porém Yugi só descobre isso mais tarde, no primeiro episódio da série Yugi duela com o campeão mundial de Monstros de Duelo, Seto Kaiba,e vence invocando o monstro mais raro de todo o jogo, o legendário Exodia. Logo depois ele conhece Maximillion Pegasus, o criador do Monstros de Duelo. Pegasus é o proprietário de uma das sete relíquias, o poderoso Olho do Milênio, e com seu olho milenar, Pegasus seqüestra a alma doavô de Yugi. O forçando a entrar no maior de todos os torneios de Monstros de Duelo. E nesse torneio muita coisa acontece, como o descobrimento deoutras relíquias, novos amigos, e grandes revelações. Mas a história não se desenvolve só no reino dos duelistas, após vencer o campeonato de Pegasus, Yugi entra em novos desafios, como o desafio da Batalhas da cidade que Kaiba irá criar, e durante toda a série muita coisa é revelada, como a confirmação de que o espírito do enigma do milênio é na realidade o espírito do antigo faraó, e que Yugi e Seto Kaiba foram grandes inimigos a 5.000 anos atrás.