Na série, dois gênios da robótica, Dr. Albert Wily e Dr. Thomas Light, criam uma nova geração de robôs superior a quaisquer outros já criados. Então, Wily, ex-sócio de Dr. Light (criador de Mega Man), vendo o incrível potencial dos robôs, começa a imaginar que, com eles a seu comando, poderia ter um enorme poder nas mãos. Ao compartilhar seus planos de domínio com Light e ter retorno negativo, rouba seu projeto inicial, Protoman (Blues, no original), para servi-lo, junto com outros robôs.

Dr. Light, então, cria Rock e Roll, para formar uma família. Quando Wily resolve usar os Robôs para cometer terrorismo, Light resolve transformar Rock num robô de batalha na tentativa de deter Wily. Surge então Mega Man, o robô azul que sempre estraga os planos malignos de Wily.